学院儿童疾病研究所（简称：儿研所）始建于2017年，位于科教楼15楼，自成立以来始终秉持“以临床问题为导向，基础研究服务于临床”的中心思想，以医学基础研究和临床研究相结合的模式探究儿科疾病发病机理、诊断与治疗策略，逐步构建科研成果向临床转化的服务形式。

儿研所有7名专任教师，此外还拥有多名附属太和医院各科室科研骨干，其中高级职称专家30余人，中华医学会及中国医师协会委员7名，国务院政府特殊津贴专家1名。在儿童心血管疾病发病机制与治疗、儿童脑瘫的干细胞治疗、围产儿心肺发育及相关疾病研究等方面成果显著，近5年主持承担完成国家和省市级项目30余项，经费200余万元。发表SCI论文及核心期刊论文100余篇。

儿研所作为儿科学硕士学位培养点，毕业及在培养儿科硕士研究生40余人。在学校的大力扶持下，目前主要仪器设备有：脑立体定位仪、小鼠适配器、小鼠耳杆-齿式、微型手持式颅钻、变焦体式显微镜舜宇光学SZN71+CCD、横流注射泵、小动物麻醉机、核酸电泳仪、蛋白电泳仪、脱色摇床、电热恒温培养箱、气浴恒温恒色振荡器、三用紫外分析仪、微量离心机、冰点渗透压测定仪等；同时，依托学校大型仪器设备共享平台及实验动物中心，可开展分子生物学、蛋白质组学和免疫学等相关临床或基础研究，为学生实验技能和科研思维的培养提供了良好的平台。